秘書處為一幕僚單位，襄助校長、副校長辦理各項全校性行政工作外，並協調各單位業務之推展。本處設主任秘書一人，並分為四組辦事，如綜合業務組、議事組、公共關係組及校友中心，分別負責公文書審核與判行；推展校務專案；重要議事業務；公關宣傳、校友服務及其他綜合業務等。

本處並承辦有關校慶活動、名譽博士頒授典禮等活動規劃；各項募款活動之籌劃與推動；陽明交通大學電子報之採訪、編輯及發行；其他重大校務發展計畫等。秘書處希望能以專業、服務來凝聚在校教職員師生的向心力，並積極建立陽明交通大學的品牌形象，以拓展永續發展的基礎。